Wieś w 1331 została spustoszona przez Krzyżaków.
W Winnej Górze funkcjonował szpital, założony zapewne przez któregoś z biskupów poznańskich, ale już w 1737 nie istniał, a jego fundusze zaginęły.
W posiadaniu biskupów poznańskich Winna Góra pozostawała do 1796, kiedy to rząd pruski przeprowadził kasatę majątków kościelnych. W 1807 Napoleon nadał Winną Górę wraz z okolicznymi folwarkami generałowi Janowi Henrykowi Dąbrowskiemu. Dąbrowski spędził w Winnej Górze ostatnie lata swojego życia, po nim majątek odziedziczył syn, Bronisław Dąbrowski, a następnie potomkowie córki, Bogusławy z Dąbrowskich Mańkowskiej.
W rękach Mańkowskich Winna Góra pozostawała do 1939. Od 1963 pałac i park były własnością poznańskiego Instytutu Ochrony Roślin, który do dzisiaj posiada we wsi Polową Stację Doświadczalną. Od 2003 wydzierżawiony w prywatne ręce lokalnemu przedsiębiorcy. W pałacu od 1987 znajdowała się niewielka ekspozycja poświęcona generałowi Dąbrowskiemu (początkowo jako samodzielna „Sala Pamięci”, a od 1997 oddział gnieźnieńskiego Muzeum Początków Państwa Polskiego).