W sezonie 2021/2022 Karabach ponownie zdobył mistrzostwo kraju, zapewniając sobie grę w kwalifikacjach Ligi Mistrzów – w pierwszej rundzie trafił na mistrza Polski Lecha Poznań, którego pokonał 5:2 w dwumeczu. W drugiej rundzie wyeliminował mistrza Szwajcarii FC Zürich. Nie awansował do Ligi Mistrzów (odpadając w fazie play-off z Viktorią Pilzno), ale poprzez zajęcie trzeciego miejsca w fazie grupowej Ligi Europy UEFA, dotarł do 1/16 finału Ligi Konferencji Europy, w której został wyeliminowany przez belgijski KAA Gent.
W 2023 Karabach obronił mistrzostwo Azerbejdżanu. W pierwszej rundzie eliminacji do Ligi Mistrzów wyeliminował Lincoln Red Imps (2:1, 4:0), a w drugiej rundzie odpadł z mistrzem Polski Rakowem Częstochowa (2:3, 1:1).
Osiągnięcia Mistrzostwo Azerskiej SRR: 1988, 1990 Puchar Azerskiej SRR: 1990 Mistrzostwo Azerbejdżanu: 1993, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2022, 2023, 2024, 2025 Puchar Azerbejdżanu: 1993, 2006, 2009, 2015, 2016, 2017, 2022, 2024 Superpuchar Azerbejdżanu: 1994 Faza grupowa Ligi Mistrzów