W międzyczasie, 25 maja 1940 roku, niedaleko Kłajpedy, idący na głębokości peryskopowej U-18 został staranowany przez torpedowiec T-123Pochodzący sprzed I wojna światowa torpedowiec S-23, od 1932 roku pod nazwą T-123, w roku 1939 przebudowany na okręt prowadzący dla okrętu-celu Hessen i przemianowany na Komet. – uszkodzeniu uległ peryskop.
7 czerwca z pokładu schodzi Oblt. Ottokar Paulshen, by objąć samodzielne dowództwo na U-20. 3 września następuje zmiana dowódcy – Oblt. Ernst Mengersen przechodzi na U-143, natomiast na jego miejsce przychodzi Kptlt. Hans-Heinz Linder. 17 grudnia Kptlt. Linder schodzi z okrętu by przejść na U-96 znajdujący się pod dowództwem Kptlt. Heinricha Lehmann-Willenbrocka, gdzie uczestniczy w trzecim patrolu przygotowując się do samodzielnego objęcia okrętu. Natomiast na U-18 dowództwo obejmuje Kptlt. Ernst Vogelsang, który zajmował to stanowisko do 6 maja 1941 roku, kiedy to przeszedł na U-132. Na jego miejsce przyszedł Oblt. Hans-Achim von Rosenberg-Gruszcynski, który był dowódcą U-18 przez przeszło rok – do 31 maja 1942 roku, po czym objął samodzielne dowództwo na U-384. 1 czerwca, na U-18 dowódcą został Oblt. Friedrich-Wilhelm Wissmann, który pełnił tę funkcję do 18 sierpnia 1942 roku. Po zejściu z U-18 Oblt.