W czasie krótkiego pontyfikatu papież przywrócił praktykę nepotyzmu. Wśród mianowanych przez niego kardynałów znaleźli się jego prasiostrzeniec Giambattista Rubini i stryjeczny wnuk Pietro Ottoboni. Jednocześnie zdobył popularność wśród mieszkańców Państwa Kościelnego dzięki redukcji podatków i obniżce cen żywności. Opór wywołała natomiast decyzja Aleksandra o finansowaniu pomocy zbrojnej dla ojczyzny papieża – Wenecji.

W kwestiach religijnych papież występował przeciwko jansenizmowi. Potępił 31 tez w 1690 roku, a także wprowadził pojęcie „grzechu filozoficznego”, który miał nie pociągać za sobą obrazy Boga, ponieważ był popełniany bez myśli o Nim.

W sprawach zagranicznych szukał porozumienia z królem Francji Ludwikiem XIV, przyjmując m.in. odrzuconego wcześniej przez Innocentego XI ambasadora francuskiego. Król także poszedł na ustępstwa, oddając eksklawy: Awinion i Hrabstwo Venaissin. Papież zgodził się także na nominację kardynalską biskupa de Forbin-Jansona, który wcześniej brał udział w antypapieskim zgromadzeniu gallikańskim. Nie doszło jednak do pełnego porozumienia w kwestii nominacji biskupich;