Służba podczas wojny Krótko przed atakiem Niemiec na Polskę, 24 sierpnia 1939 roku U-6 wypłynął z Neustadt w celu patrolowania Kattegatu, by obserwować polskie jednostki cywilne i wojskowe usiłujące przedostać się do Wielkiej Brytanii. Na dzień przed wybuchem wojny U-6 dostrzegł w Kattegacie wykonujące plan Peking i kierujące się na Morze Północne polskie niszczyciele OORP „Błyskawica”, „Grom” i „Burza”, nie podjął jednak żadnych działań względem nich. 13 września 1939 roku wpłynął do portu w Kilonii.
Przez kolejne miesiące okręt nie prowadził działalności operacyjnej, zaś 18 stycznia 1940 roku dowództwo U-6 objął późniejszy kawaler Krzyża Rycerskiego Adalbert SchneeR. Busch, H-J. Roll: German U-Boat Commanders, s. 229.. Pod jego dowództwem U-6 wypłynął z Kilonii 4 kwietnia 1940 roku, aby wziąć udział w niemieckiej operacji Hartmut. Otwarte 6 kwietnia rozkazy operacyjne na ten patrol nakazywały jednostce udać się ku wybrzeżom Norwegii, gdzie od 9 kwietnia miał wspierać niemiecką inwazję na ten kraj i zapobiegać brytyjskim próbom przeszkodzenia niemieckiej operacji. U-6 otrzymał przydział do 8. Grupy U-bootów (U-Boot Gruppe 8), operującej w rejonie LindesnesKenneth Wynn: U-Boat Operations, s. 6.Grzegorz Bukała: Historia operacyjna, s. 38..