10 listopada 1770 Polacy ponieśli klęskę pod Runowem i dowódcy Skórzewski z Lipińskim dostali się do niewoli, a Gordon przejął dowództwo nad oddziałami konfederatów na Pomorzu. Jako główne zadanie otrzymał rekrutację i pobieranie podatków w Wielkopolsce i na Kujawach. W październiku 1771 Gordon otrzymał od Generalności rozkaz udania się na południe kraju i znalazł się w Białej, gdzie 21 stycznia 1772 otrzymał od Generalności awans na pułkownika. W walkach z Rosjanami w Krakowie wziął udział w oblężeniu i zdobyciu Wawelu.
26 kwietnia 1772 Wawel musiał kapitulować i Gordon dostał się do niewoli rosyjskiej. Groziło mu zesłanie na Sybir, ale dawnemu dowódcy z Wielkopolski Zarembie udało się go wybronić. Gordon udał się do Gdańska, gdzie przebywał do 1773.
W wojskach koronnych Po upadku Konfederacji Gordon musiał zaczynać karierę wojskową od początku, znów od chorążego, gdyż dowództwo wojsk koronnych nie uznało jego awansów oficerskich uzyskanych w formacjach barskich. Dopiero w 1777 uzyskał stopień adiutanta w I. Brygadzie Wielkopolskiej kawalerii koronnej, w 1782 postąpił na porucznika, w 1789 na majora, przy czym musiał jeszcze raz wywodzić się ze szlachectwa, uzyskując w tym roku ponowne potwierdzenie indygenatu.