Pierwsze lata rządów Frasera przypadły na czas II wojny światowej, która zmusiła go do takich kroków jak wprowadzenie poboru wojskowego, cenzury czy odgórnej regulacji pensji. Część przeciwników zarzucała mu, że zdradza antywojenne ideały własnej młodości, na co odpowiadał, że w tej wojnie walka naprawdę ma sens (I wojnę światową uważał za wymysł imperialistów). Starał się też współpracować z opozycją, ale jego partnerem nie był zwykle jej oficjalny lider Sidney Holland, lecz raczej nestor nowozelandzkiej prawicy Gordon Coates. Po poważnych stratach, jakie siły nowozelandzkie poniosły w 1941 w czasie walk w Grecji, zażądał od alianckiego dowództwa prawa do współdecydowania o sposobie wykorzystywania żołnierzy z jego kraju.
W grudniu 1943 na mocy porozumienia podpisanego z rządem polskim na uchodźstwie zgodził się, by Nowa Zelandia na swój koszt zaopiekowała się polskimi sierotami wojennymi, przebywającymi w Iranie. Były to ofiary sowieckich wywózek z okupowanych Kresów, które dzięki zawarciu Układu Sikorski-Majski zostały uwolnione z „nieludzkiej ziemi” sowieckiej i ewakuowane do Iranu wraz z Armią Andersa. Około 2000 polskich sierot i półsierot żyło i uczyło się w polskich sierocińcach (tzw. zakładach) w Isfahanie.