W czasie okupacji uczestniczył w ruchu oporu, był żołnierzem Armii Krajowej, a także brał udział w tajnym nauczaniu uniwersyteckim. W 1945 powrócił do pracy naukowej na Uniwersytecie Warszawskim, na podstawie pracy Studia w grupie dwucynamoilometanu. O trzech izomerycznych aminopochodnych dwucynamoilometanu uzyskując stanowisko docenta. Przyczynił się do odbudowy gmachu chemii na uniwersytecie po zniszczeniach wojennych. Prowadził wykłady z reakcji związków organicznych i metod syntezy organicznej, a także jako pierwszy w Polsce monograficzne wykłady z mechanizmów reakcji chemicznych, które już po jego śmierci zostały wydane w formie książkowej (Reakcje chemiczne związków organicznych w świetle elektronowej teorii wiązań, 1951). Jednocześnie od 1945 kierował Pracownią Chemiczną w Państwowym Zakładzie Higieny w Warszawie, z którym był już związany w latach II wojny światowej.
W 1946 powołany został na członka korespondenta Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.