Produkcja samolotu Siebel Si 204 w poszczególnych wytwórniach Siebel Flugzeugwerke Halle A.G. – zbudowano 15 prototypów SNCAC w Bourges – wyprodukowały w sumie 168 samolotów Si 204 różnych wersji. ČKD/BMM w Pradze – zakończyły produkcję we wrześniu 1944 roku, kiedy to rozpoczęto produkcję części zamiennych do już wyprodukowanych maszyn. Liczba wyprodukowanych tam maszyn nie jest znana. Aero w Pradze – budowała samoloty Siebel Si 204 różnych wersji aż do końca wojny. Liczba wyprodukowanych maszyn nie jest znana. RLM zakładało produkcję samolotów w wersji D-1 i D-3 na poziomie 30 egzemplarzy miesięcznie, począwszy od grudnia 1944 roku, ale wyprodukowano ich mniej.
Po zakończeniu II wojny światowej produkcję samolotu Siebel Si 204 kontynuowano we Francji, gdzie nosiły oznaczenie NC.700/NC.701 i NC.702 oraz w Czechosłowacji, gdzie miały oznaczenie Aero C-3/C-103.
Całkowitą liczbę wyprodukowanych samolotów Si 204 wszystkich wersji ocenia się na 1250 do 1300 egzemplarzy.