pomorskiego, stanowiąc północną część miasta Gdańska. Znajduje się w zachodniej części Mierzei Wiślanej, a jego południowa cześć leży już na Żuławach Wiślanych.
Port leży na odcinku ujściowym Martwej Wisły do Zatoki Gdańskiej obejmując wschodni i zachodni brzeg, a także wyspę Ostrów znajdującą się pomiędzy brzegami oraz twierdzę Wisłoujście. Port obejmuje zachodnią część Wyspy Portowej bez półwyspu Westerplatte, a także jej wschodni pas przy ujściu Wisły Śmiałej. W swej zachodniej części port obejmuje obszar na wschód od ul. Jana z Kolna, Twardej, Marynarki Polskiej, Władysława IV, Oliwskiej, a na zachód od ulicy Nowotnej i osiedla Stogi. W północno-wschodniej części Gdańska obszar portu ogranicza się do Martwej Wisły by przed Wisłą Śmiałą objąć tereny na północ od ulicy Płońskiej, tereny przy zachodnim brzegu Wisły Śmiałej i wąski pas przy wschodnim brzegu ujścia rzeki do Morza Bałtyckiego.
Port obejmuje powierzchnię 679 ha lądu oraz 412,6 ha akwenów. Granice portu morskiego w Gdańsku są określone rozporządzeniem z 2012 roku.
Tereny portu Gdańsk znajdują się na obszarach dzielnic: Nowy Port, Letnica, Młyniska, Śródmieście, Rudniki, Wyspa Sobieszewska, Krakowiec-Górki Zachodnie, Stogi i Przeróbka.