Rodzina 25 sierpnia 1806 r. poślubił Annabellę Honywood (zm. 4 kwietnia 1814), córkę sir Johna Honywooda, 4. baroneta, i lady Frances Courtenay, córki 2. wicehrabiego Courtenay. Edward i Annabella mieli razem sześcioro dzieci: Mary Louisa Knatchbull (zm. 30 stycznia 1923), żona generała-majora Charlesa Dundasa, nie miała dzieci Eleanor Grace Knatchbull (zm. 20 kwietnia 1913), żona Roberta O’Reilly’ego, nie miała dzieci Beatrice Joanna Knatchbull (zm. 17 maja 1932), żona Charlesa Towry'ego-Lawa, 3. barona Ellenborough, nie miała dzieci Mary Dorothea Knatchbull (zm. 22 lutego 1838), żona Edwarda Knighta, miała dzieci Norton Joseph Knatchbull (10 lipca 1808 – 2 lutego 1868), 10. baronet nieznane z imienia dziecko (zm. 1818)
24 października 1820 r. poślubił Fanny Catherine Knight (1793 - 24 grudnia 1882), córkę Edwarda Knighta, i Elizabeth Bridges, córki sir Brooka Bridgesa, 3. baroneta. Edward i Fanny mieli razem trzech synów: Edward Hugessen Knatchbull-Hugessen (29 kwietnia 1829 - 6 lutego 1893), 1. baron Brabourne Reginald Bridges Knatchbull-Hugessen (ur.