Co więcej, niezbyt dobrze układały się jego stosunki z Grantem, który szybko awansował, a na koniec został prezydentem.
Młodość Thomas urodził się w miejscowości Newsom’s Depot w hrabstwie Southampton, w pobliżu granicy z Karoliną PółnocnąCleaves, s. 7.. W roku 1831 Thomas, jego siostry i owdowiała matka zostali zmuszeni do ucieczki z domu i ukrycia się w lasach wobec wybuchu powstania niewolników pod wodzą Nata TurneraCleaves, s. 6–7; O’Connor, s. 60.. Zgodnie z obowiązującym w Wirginii prawem edukacja niewolników była nielegalna, ale Thomas nauczył swych piętnastu niewolników czytaćWarner, s. 57.. Po ukończeniu w roku 1840 Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych służył jako młodszy oficer w wojnie z Seminolami na Florydzie (1841) i w wojnie amerykańsko-meksykańskiej, biorąc udział w bitwach o Fort Brown, pod Resaca de la Palma, Monterrey i Buena Vista i odbierając trzykrotnie pochwały za wyjątkową waleczność. W latach 1851–1854 był instruktorem w West Point. W roku 1855 otrzymał awans na majora i przydział do 2. pułku kawalerii (później przemianowanego na 5. pułk) z rąk Jeffersona Davisa, w tym czasie sekretarza wojny. 26 sierpnia 1860 roku, w czasie potyczki z Komanczami nad rzeką Brazos w Teksasie, Thomas został zraniony strzałą, która przeszła przez fałdę skórną koło podbródka i utkwiła w piersi.