Zadaniem Zakładu było wychowywanie osieroconych i bezdomnych chłopców, kształcenie ich w zakresie ogrodnictwa i sadownictwa. Siedziba Zakładu znajdowała się początkowo w wynajętym mieszkaniu przy ulicy Brackiej, następnie w majątku Piotra Michałowskiego w Krzysztoforzycach, a od roku 1857 we własnym budynku przy ulicy Pędzichów. W roku 1858 Zakład został ostatecznie przeniesiony do własnej siedziby przy ulicy Karmelickiej 66. Budynek według projektu B. Mullera po 1885 roku rozbudowano i przebudowano. W 1909 roku Fundacja kupiła majątek w podkrakowskich Prusach i działała tam filia Zakładu. Po przejęciu opieki nad zakładem w 1917 roku przez biskupa krakowskiego zmieniono nazwę na Zakład św. Józefa Fundacji Piotra Michałowskiego. W 1921 roku wszystkich wychowanków przeniesiono do Prus. W budynku przy ulicy Karmelickiej pozostały biura fundacji, sklep i mieszkania dla 20 wychowanków.
Po śmierci Piotra Michałowskiego fundację wspierała jego żona Julia.