W latach 1990–1996 pełnił funkcję prodziekana ds. kształcenia Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej, a w latach 1996–2002 i ponownie 2005–2012 dziekana tego wydziału. W latach 1995–2019 był też kierownikiem Katedry Chemii Analitycznej, która uzyskała status Centrum Doskonałości. Członek Senatu PG (od 1990) oraz w 2002–2005 i 2012–2016 kierownik Studium Doktoranckiego przy Wydziale Chemicznym Politechniki GdańskiejProfesor Jacek Namieśnik – uczony, nauczyciel i organizator (dostęp 30.01.2026).
31 marca 2016 został wybrany na rektora Politechniki Gdańskiej w kadencji 2016–2020.
Równocześnie z pełnieniem obowiązków rektora Politechniki Gdańskiej objął w kadencji 2016–2020 funkcję wiceprzewodniczącego Konferencji Rektorów Polskich Uczelni Technicznych (KRPUT). Decyzją Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 24 lutego 1993 został wpisany na listę rzeczoznawców Ministra w zakresie ochrony powierzchni ziemi. Na wniosek Polskiego Komitetu Normalizacji, w 1994 został członkiem Normalizacyjnych Komisji Problemowych ds.