Wspierała go materialnie matka chrzestna, nazwiskiem Barszczewska, co umożliwiło mu kontynuowanie edukacji.
Okres dorpacko-würzburski (1840–1845) Po zamknięciu Akademii Wileńskiej Tytus Chałubiński kontynuował studia na Uniwersytecie Dorpackim (dzisiejsze Tartu w Estonii), jedynej niemieckojęzycznej uczelni w Imperium Rosyjskim. Niemiecki był już szóstym opanowanym przez niego językiem (obok polskiego, rosyjskiego, francuskiego, łaciny i greki klasycznej). W Dorpacie, zarzuciwszy chwilowo medycynę po złożeniu egzaminów połowicznych, poświęcił się studiom przyrodniczym ze szczególnym uwzględnieniem botaniki. W roku 1841 opublikował w Nadwiślaninie swój pierwszy artykuł naukowy – o zasadach botaniki i fizjologii roślinnej. 14 kwietnia 1843 uzyskał dyplom kandydata filozofii (za której dziedzinę było wówczas uważane przyrodoznawstwo) na podstawie pracy, której tytuł w przekładzie na język polski brzmiał „Historyczny przegląd mniemań o płciowości i sposobie zapładniania roślin”.