224.
Działania wojenne 1 września 1939 roku – w dniu ataku Niemiec na Polskę – U-3 uzyskał status operacyjny, i pod dowództwem Joachima Schepkego 4 września wyszedł z Wilhelmshaven na swój pierwszy patrol bojowy na Morzu Północnym. Wkrótce jednak potem, już 8 września, powrócił do bazy bezowocnie kończąc swój wojenny debiut operacyjny. Podobnie zakończył się trwający od 13 do 24 września drugi patrol okrętu na Morzu Północnym, którego celem było zwalczanie brytyjskich okrętów podwodnych.
23 września 1939 roku – na wniosek adm. Ericha Raedera – Hitler zaaprobował poluźnienie restrykcyjnych zasad prowadzenia wojny podwodnej, która miała dotąd być prowadzona ze ścisłym przestrzeganiem prawa pryzowegoClay Blair: Hitler’s U-Boat War T. 1, s. 95–97.. Już 24 września Oberkommando der Marine (OKM) przekazało kommodore Karlowi Dönitzowi informację o poluźnieniu zasad na obszarze Morza Północnego, z jednoczesnym nakazem podejmowania prób ratowania załóg zatopionych jednostek. 27 września 1939 roku U-3 wypłynął na swój trzeci patrol, celem operowania w Skagerraku. 30 września o godz. 11:40 w odległości 35 mil morskich na północny zachód od Hanstholm w Szwecji, U-3 natrafił na duński transportowiec s/s „Vendia” (1150 BRT), który zatopił ogniem artyleryjskim i torpedą. Kpt.