Na stanowisku szefa duszpasterstwa ewangelickiego Okręgu Korpusu Nr VII pozostał do 1939.
Po wybuchu II wojny światowej został przez okupanta pozbawiony funkcji kościelnych i ukrywał się pod przybranym nazwiskiem jako robotnik rolny i urzędnik.
Po powrocie zaraz po ustaniu działań wojennych, pierwsze nabożeństwo odprawił w mieszkaniu w domu PTE przy ul.Kossaka 9 w Poznaniu już 30 marca 1945 starając się wraz ze świeckimi współpracownikami o normalizację życia kościelnego. Mimo starań, nie udało się pozyskać żadnego z kościołów poewangelickich. Dopiero w 1946 parafia otrzymała tymczasowo kaplicę cmentarną przy ul. Grunwaldzkiej, która służyła następnie niemal 60 lat, aż do wybudowania kościoła Łaski Bożej. Ks. Karol Świtalski w 1946 wznowił nabożeństwa w Lesznie, przyczynił się do powstania nowych polskich parafii w Gorzowie Wielkopolskim i w Szczecinie, podejmował działania na rzecz organizacji parafii w Zielonej Górze. Po 23 września 1948 zrezygnował z pracy w Poznaniu i objął administrację parafii w Gorzowie Wielkopolskim i w Szczecinie, a 4 lipca 1950 rozpoczął pracę w parafii w Koninie, nadal mieszkając w Poznaniu (ponieważ plebania w Koninie została zajęta) i obsługiwał również zbory Grodziec, Izbica Kujawska, Koło, Sompolno i Zagórów.