W 1988 roku Pérez trafił na testy do Ajaksu Amsterdam. Ówczesny szkoleniowiec zespołu Johan Cruyff był zainteresowany usługami Hugo, jednak Amerykanin nie dostał zgody na transfer od kierownictwa Sockers. W 1990 roku Cruyff próbował załatwić Pérezowi transfer do włoskiej Parmy, jednak nie dostał pozwolenia na pracę we Włoszech ze względu na niepowołanie do kadry na Mundial w tym kraju. Ostatecznie Hugo trafił do francuskiego Red Star 93, a niedługo potem do szwedzkiego Örgryte IS. W 1992 roku wyjechał do Arabii Saudyjskiej i występował w klubie Al-Ittihad Club. W 1994 roku wrócił do Stanów by grać w Los Angeles Salsa. Jeszcze w tym samym roku wrócił do Salwadoru i przez dwa sezony był piłkarzem FAS Santa Ana. W 1995 i 1996 roku został mistrzem Salwadoru. Po tym ostatnim sukcesie zakończył piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna W 1984 roku Pérez znalazł się olimpijskiej reprezentacji Stanów Zjednoczonych na Igrzyska Olimpijskie w Los Angeles. Amerykanie odpadli jednak po fazie grupowej. W 1988 roku Hugo ponownie zaliczył Igrzyska Olimpijskie, tym razem w Seulu, a Amerykanie ponownie nie wyszli z grupy.