Postulowano, że walenie i parzystokopytne są grupami siostrzanymi, a nawet że walenie mogą pochodzić od jakichś parzystokopytnych. W 1994 Graur i Higgins opublikowali wyniki badań genetycznych, podczas których przebadali 5 sekwencji mtDNA i 11 sekwencji DNA jądrowego, kodującego białka kilku gatunków waleni (płetwal zwyczajny, płetwal karłowaty, płetwal czerniakowy, pływacz szary, morświn zwyczajny, kaszalot spermacetowy, butlonos zwyczajny), porównując je z sekwencjami innych ssaków. Odkryto, że sekwencje waleni i bydła domowego różnią się od siebie znacznie mniej niż któregokolwiek z nich i świni domowej. Z kolei praca Irwina i Árnasona wydana w tym samym roku, bazująca na sekwencjonowaniu genu cytochromu b, wskazała na hipopotamowate jako najbliższych krewnych waleni. O 2 lata późniejsza publikacja Gatesy’ego i współpracowników, którzy zbadali z kolei kazeinę, jedno z białek mleka, doprowadziła do podobnych wniosków. Kolejne badania potwierdzały bliskie pokrewieństwo waleni i hipopotamów, na przykład badania mtDNA kaszalota opisane przez Arnasona et al.