Tematyka Rękopis znaleziony w butli jest jedną z opowieści morskich Poe, obok W bezdni Maelströmu i Przygód Artura Gordona Pyma. Specyfika tej przerażającej historii bierze się z naukowych wyobrażeń i opisów fizycznego świata wykraczającego poza limity ludzkiej eksploracji. Podkreśla idee, zakomunikowane już na początku opowieści, kiedy to narrator zapowiada swoje oddanie realizmowi. Ów realizm zatraca się w otchłani wiru wodnego, jak i przypuszczalnie życie w niej traci również on sam.
Interpretacja Nowela bazuje po części na historii o Latającym Holendrze, jak również zawiera sugestie zgodne z ówczesną teorią pustej Ziemi Johna Clevesa Symmesa Jr. W jej myśl Ziemia jest pusta i ma otwory w biegunie północnym i południowym, w które miał się wlewać ocean. Oba motywy są razem skomponowane w symfonię strachu. W jakiej formie Poe poznał legendę o Latającym Holendrze nie jest jasne, możliwe, że dzięki tłumaczeniu Wilhelma Hauffa pt. Gespensterschiff. Kto szuka symboli w opowieści, nie przejdzie obojętnie obok obu statków i ich „pękatej kobiecości”, w której narrator szuka schronienia. Po śmierci matki Poe został sierotą i był oddany na wychowanie do rodziny zastępczej.