Bez problemu uzyskał wybór na członka Konwentu, gdzie reprezentował departament Loir-et-Cher, a następnie został powołany do Komitetu Bezpieczeństwa Powszechnego. Głosował za śmiercią Ludwika XVI i przeciwko wnioskowi o ukaranie uczestników masakr wrześniowych. Choć nadal należał do parlamentarnych ultraradykałów, prowadził hulaszczy tryb życia i miał rozliczne romanse. Uczestnicząc w sprawach gospodarczych podejmowanych przez Komitet Bezpieczeństwa Powszechnego, uwikłał się również w do dziś niewytłumaczone do końca malwersacje finansowe.
W marcu 1793 r. Chabot oraz Jean Baptiste Bo zostali wysłani przez Konwent do Aveyron w charakterze komisarzy, powołanych w celu dokonania poboru do wojska oraz krzewienia nastrojów rewolucyjnych na prowincji. Chabot nie tylko zrealizował powierzone mu zadanie, ale również opodatkował bogatych mieszkańców regionu i zainspirował szereg wystąpień antyreligijnych. Misję zakończył 5 maja 1793 r., by rozpocząć następną, w Tuluzie, gdzie jego działalność miała podobny charakter.