W 1950 u wylotu alei do Placu Żołnierza Polskiego ustawiono pomnik Wdzięczności dla Armii Radzieckiej w formie obelisku zwieńczonego pięcioramienną gwiazdą. Nowe władze miasta zdecydowały się na objęcie części alei projektem Śródmiejskiej Dzielnicy Mieszkaniowej, wzorowanym na warszawskiej Marszałkowskiej Dzielnicy Mieszkaniowej. Zespół architektów w składzie: Henryk Nardy, W. Adamczyk i Emanuel Maciejewski zaprojektował w latach 1952–1954 dwa pięciokondygnacyjne, socrealistyczne bloki ze spadzistymi dachami, które miały zająć miejsce zburzonych w czasie wojny kamienic na odcinku od Placu Grunwaldzkiego do Placu Lotników. Prace budowlane zakończyły się w 1958. Były to pierwsze budynki mieszkalne zbudowane w mieście po zakończeniu II wojny światowej.
W latach 70. XX wieku środkową część Alei Jedności Narodowej na odcinku od Placu Lotników do Placu Grunwaldzkiego przebudowano na aleję spacerową z fontannami. Tuż przed Placem Grunwaldzkim ustawiono 19 czerwca 1980 pomnik Marynarza dłuta Ryszarda Chachulskiego.
Po roku 1989 Na mocy Uchwały Rady Miasta Szczecin nr X/284/07 z 11 czerwca 2007 aleję Jedności Narodowej przemianowano na aleję Papieża Jana Pawła II.