Pomimo niekorzystnej sytuacji finansowej kontynuowano stosunkowo regularną działalność wydawniczą, publikując zarówno dalsze tomy „Biblioteki Krakowskiej”, jak i „Rocznik Krakowski”. Towarzystwo zdołało nawet wesprzeć tworzące się Legiony kwotą 3000 koron, stanowiącą wówczas 3/4 jego funduszu rezerwowego. W 1916 roku ze względu na pogarszający się stan zdrowia z funkcji prezesa zrezygnował Stanisław Krzyżanowski, a jego następcą został wybrany Józef Muczkowski.
Okres międzywojenny thumb|Portret Adama Chmiela (wiceprezes TMHiZK 1920–1933) autorstwa Stanisława Wyspiańskiego (członek założyciel Towarzystwa) Przez cały okres międzywojnia prezesem Towarzystwa pozostawał Muczkowski. Dzięki jego zdolnościom finansowym zdołano stopniowo odbudować podstawy materialne instytucji i zadbać o rządowe subsydia. Podniesiono także składkę członkowską, która w latach 1932–1939 wynosiła 12 zł. Od 1926 r. Gmina Miejska Kraków objęła Towarzystwo stałym finansowaniem, uzupełnianym dochodami z innych źródeł, takich jak publikacje towarzystwa, testamenty, donacje różnych instytucji czy subsydia Prezesa Rady Ministrów (jednorazowe wpłaty w wysokości 5–15 tys. zł).