Znaczące miejsce w działalności muzyka zajmuje praca pedagogiczna. Od 1972 prowadzi klasę organów w Akademii Muzycznej w Warszawie (od 1992 jako profesor). W latach 1987–1993 pełnił również funkcję prorektora, a w latach 1993–1999 – rektora. Od 1999 kierował Katedrą Organów i Klawesynu w warszawskiej uczelni. Od 1991 uczy jednocześnie w Akademii Muzycznej we Wrocławiu. Ponadto prowadził kursy improwizacji organowej w Niemczech i kursy interpretacji w Szwecji, Finlandii, Stanach Zjednoczonych, Japonii, Korei Południowej i Izraelu. Uczestniczył w pracach jury międzynarodowych konkursów organowych we Francji, Niemczech i w Polsce.

Jest współinicjatorem i dyrektorem artystycznym siedmiu międzynarodowych festiwali muzyki organowej i kameralnej na zabytkowych instrumentach: we Wrocławiu, Jeleniej Górze, Legnicy, Kłodzku, Kluczborku, Polanicy-Zdroju i Św. Lipce. W latach 1993–2000 był członkiem Stowarzyszenia Uczelni Muzycznych Europy (AECAM), w latach 1993–1999 pełnił funkcję rektora Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina, w latach 1997–1999 przewodniczył konferencji rektorów uczelni artystycznych w Polsce. Od 1997 do 2002 sprawował także funkcję dyrektora artystycznego Filharmonii Dolnośląskiej w Jeleniej Górze.