Rezerwaty przyrody Najwyższymi rangą formami ochrony przyrody na terenie gminy są cztery rezerwaty przyrody: Wielka Kępa (leśny), Las Mariański (leśny), Linje (torfowiskowy), Reptowo (faunistyczny), Chronią one siedliska związane z doliną Wisły: las łęgowy wiązowo-jesionowy, łęg jesionowo-olszowy, grąd subkontynentalny, buczynę niżową, kontynentalny bór mieszany oraz stanowisko lęgowe czapli siwej. Rezerwaty połączone są pieszym szlakiem turystycznym (48,4 km) „Rezerwatów Chełmińskich”, wiodącym z Bydgoszczy-Fordonu do Chełmna. Ponadto od 1994 roku projektowany do utworzenia jest rezerwat ornitologiczny Mała Kępa Ostromecka o bogatej awifaunie łęgowej.
Parki krajobrazowe Większość terenów gminy Dąbrowa Chełmińska objęta jest ochroną w Zespole Parków Krajobrazowych Chełmińskiego i Nadwiślańskiego.
Obszary Natura 2000 Tereny zalewowe Wisły objęte są siecią obszarów Natura 2000: Dolina Dolnej Wisły (obszar specjalnej ochrony ptaków) Solecka Dolina Wisły specjalny obszar ochrony siedlisk Specjalny obszar ochrony stanowi również Torfowisko Linje, gdzie zachowała się od czasów tundry późnoglacjalnej gromadnie występująca, reliktowa brzoza karłowata.