Dolina Wisły wykształcona została u schyłku plejstocenu i w holocenie, wskutek utorowania przez Wisłę szlaku odpływu wód ku północy w dawnej rynnie sandrowej Chełmno-Fordon (Fordoński Przełom Wisły). Wahania poziomu Bałtyku były przyczyną wcinania się Wisły i pogłębiana doliny, a w późniejszym okresie meandrowania rzeki i powstania szerokiego dna, zalewanego w czasie powodzi. Na terasie zalewowej Wisły poza starorzeczami i mokradłami istnieje gęsta sieć rowów odwadniających. W miejscach zanikających i zanikłych jezior oraz w zagłębieniach wytopiskowych występują bagna.
Wody powierzchniowe Głównym elementem sieci hydrograficznej gminy Dąbrowa Chełmińska jest rzeka Wisła. Wzdłuż jej koryta znajduje się ciąg starorzeczy, którym towarzyszą zbiorowiska Łęgowe, wierzbowo-topolowe, okresowo zalewane przez rzekę. Największym akwenem w gminie jest jezioro Skrzynka (11 ha), a do mniejszych należą: Czarże, Duża Reptówka, Jezioro Ostromeckie czy Wielka Łacha. Jeziora te posiadają w 20-60% brzegi bagienne i pokryte są dość zwartą roślinnością wodną. W dolinie Wisły zlokalizowane są obszary wysokiego zagrożenia powodzią.