Latem 1992 Subiat został piłkarzem szwajcarskiego AC Lugano. W sezonie 1992/1993 wywalczył z tym klubem Puchar Szwajcarii, dzięki zwycięstwu 4:1 w finale nad Grasshopper Club. W sezonie 1993/1994 zdobywając 17 goli był drugim najlepszym strzelcem ligi po Brazylijczyku Giovane Elberze. Latem 1994 zastąpił Elbera w ataku Grasshoppers, gdy Giovane odszedł do niemieckiego VfB Stuttgart. Pierwszy sezon Néstora w klubie z Zurychu był udany. Zespół wywalczył mistrzostwo kraju, a sam Subiat ponownie był wicekrólem strzelców ligi (21 bramek, o 3 mniej niż Petyr Aleksandrow). Jednak w kolejnych trzech sezonach Subiat rozegrał zaledwie 20 spotkań w lidze i w 1998 roku na pół sezonu odszedł do FC Basel.
Latem 1998 Subiat znów grał we Francji. Z zespołem AS Saint-Étienne wywalczył awans z Ligue 2 do Ligue 1, jednak we francuskiej ekstraklasie rzadko wybiegał na boisko. W 2000 roku odszedł więc do Étoile Carouge FC, a po pół roku gry w drugiej lidze szwajcarskiej przeszedł do FC Luzern. Latem 2001 zakończył piłkarską karierę.