W 1991 założył Ruch Wolnej Ojczyzny (Movimiento Patria Libre), który później został oskarżony przez administrację prezydenta Alberto Fujimoriego o powiązania z grupą terrorystyczną Ruchu Rewolucyjnego im. Tupaca Amaru. 11 czerwca 1992 Yehude Simon został aresztowany i skazany na 20 lat pozbawienia wolności za wspieranie grup terrorystycznych. Jego uwolnienia domagała się m.in. Amnesty International oraz cała opozycja.
W więzieniu spędził 8 i pół roku, aż w listopadzie 2000 został ułaskawiony przez administrację prezydenta Valentína Paniagui. W 2002 prezydent Alejandro Toledo w imieniu narodu publicznie przeprosił Simona za niesłuszne skazanie.
W lipcu 2001 założył własne ugrupowanie centrolewicowe, Partię Humanistyczną Peru. W 2002 pod jej sztandarem wygrał wybory i zajął urząd gubernatora regionu Lambayeque. W wyborach w 2006 uzyskał reelekcję na tym stanowisku.
Premier Na początku października 2008 w Peru wybuchł kryzys polityczny po tym, jak w mediach opublikowano nagranie ujawniające korupcję rządu przy zawieraniu kontraktu z norweską firmą naftową. W rezultacie cały gabinet premiera Jorge del Castillo podał się do dymisji„Oil row brings down Peru cabinet”, BBC News, 10 października 2008..