Życiorys Jewgienij Pluszczenko urodził się w Dżamku, w Kraju Chabarowskim na terenie ówczesnego Związku Radzieckiego. Jego matka Tatjana (zm. 2015 r.) pochodziła z Wołgogradu, a jego ojciec Wiktor, stolarz pracujący przy budowie kolei Bajkał-Amur pochodził z Doniecka. Pluszczenko ma starszą siostrę. Mieszkał z rodziną w drewnianym wagonie niedaleko Chabarowska. Trudne warunki bytowe odbiły się na zdrowiu Jewgienija. Z powodu choroby syna Wiktor i Tatiana Pluszczenko przenieśli się w 1986 roku do Wołgogradu, a w 1994 roku do Petersburga. Jego rodzice nigdy nie oglądali jego występów łyżwiarskich na żywo.
18 czerwca 2005 roku podczas ceremonii w Petersburgu poślubił Mariję Jermak z którą ma syna Jegora, którego pierwotnie nazwano Kristian (ur. 15 czerwca 2006). Po rozwodzie rodziców w lutym 2008 roku Jegor przybrał nazwisko matki. W sierpniu 2009 roku ogłoszono zaręczyny Pluszczenko z Janą Rudkowską, producentką muzyczną Dimy Biłana. Jana i Jewgienij pobrali się 12 września 2009 roku. Jana ma dwóch synów z poprzedniego małżeństwa z Wiktorem Baturinem, Nikołaja i adoptowanego przez nią Andrieja (biologicznego syna Baturina i jego żony Juliji Saltowiec) Jana i Jewgienij mają dwóch wspólnych synów, Aleksandra (ur. w styczniu 2013 roku), który od najmłodszych lat rozpoczął treningi łyżwiarstwa figurowego oraz Arsenija (ur.