Generał William Nott, dowodzący Brytyjczykami w Kandaharze opisał Elphinstone’a jako najmniej kompetentnego żołnierza spośród oficerów w odpowiednim stopniu.
Elphinstone nie chciał początkowo przyjąć nominacji na głównodowodzącego, ale gubernator generalny Indii lord Auckland pozostał nieugięty. Jednak pod koniec roku stan zdrowia Elphinstone’a tak bardzo się pogorszył, że Auckland zezwolił mu na powrót do Indii. W tym czasie jednak, wskutek błędnej polityki Brytyjczyków, w Afganistanie wybuchło powstanie, a nieudolnie dowodzący Elphinstone został oblężony w cytadeli w Kabulu. Z biegiem czasu generał coraz bardziej tracił ducha, a po zabójstwie oficera politycznego Williama Macnaghtena kompletnie stracił wolę walki. 1 stycznia 1842 r. skapitulował przed afgańskim wodzem Akbar Chanem. 6 stycznia 16 000 Brytyjczyków rozpoczęło odwrót z Kabulu.
Brytyjska kolumna była od początku atakowana przez Afgańczyków. Szybko porzucono bagaże. Wiele osób zmarło z zimna lub głodu. 11 stycznia Elphinstone udał się na rozmowy z Akbar Chanem, ale afgański przywódca odmówił mu zgody na powrót do jego oddziałów. Resztki wojsk brytyjskich zostały wkrótce zmasakrowane przez Afganów.