Powstanie Tymczasem w Afganistanie rozpoczęło się antybrytyjskie powstanie. W sierpniu 1841 r. nowym premierem został Robert Peel i jego gabinet uznał, że wojna w Afganistanie zrujnuje finanse zadłużonej Kompanii Wschodnioindyjskiej. Peel nakazał wprowadzenie oszczędności. W sierpniu Macnaghten obniżył o połowę trybut płacony górskim plemionom, aby te powstrzymały się od atakowania brytyjskich karawan z Indii. W odpowiedzi plemiona te odcięły drogi zaopatrzenia.
Ruch oporu tworzył się wokół Akbar Chana, syna obalonego Dosta Mohammada. Powstanie rozpoczęło się 2 listopada 1841 r. Na skutek nieudolnych działań Elphinstone’a oddziały brytyjskie zostały otoczone w cytadeli. Agent polityczny armii, Alexander Burnes, został zamordowany podczas próby ucieczki w afgańskim przebraniu. 6 listopada Elphinstone stwierdził, że jego oddziałom kończy się amunicja i zasugerował Macnaghtenowi podjęcie rokowań, jednak ten wolał próbować przekupić niektórych afgańskich dostojników, aby ci odstąpili od rebelii.