29 sierpnia 1888 r.Wielka Genealogia Minakowskiego.akt ślubu nr. 223/1888 ASC par. rz-kat. św. Aleksandra w Warszawie., podczas kolejnego pobytu w kraju, ożenił się z literatką Heleną Janiną Boguską, piszącą pod pseudonimem „Hajota”. W latach 1892–1893 podróżował po Egipcie. W 1893 powrócił do kraju, jednakże z nadzieją na następne wyprawy pojechał do Paryża. Tam w wieku 35 lat zginął tragicznie pod kołami omnibusu. Czasopismo „Wędrowiec” zamieściło wspomnienie pośmiertne o Rogozińskim, w którym o podróżniku w jak najlepszych słowach wypowiada się towarzysz jego pierwszej wyprawy – Leopold Janikowski.
Polski podróżnik został pochowany na paryskim cmentarzu Bagneux. Początkowo opiekę nad mogiłą sprawował najmłodszy brat Kazimierz. Współcześnie nie zachował się nagrobek, ani żadna tablica informująca o pochowanym tu Rogozińskim. W 2017 roku starania o rekonstrukcję nagrobka podróżnika podjęło Muzeum Okręgowe Ziemi Kaliskiej, jednak Zarząd Cmentarzy Paryskich nie wyraził na to zgody. mały|Kaplica Repphanów i Scholtzów na Cmentarzu Ewangelicko-Augsburskim w Kaliszu mały|Trumna Szolca-Rogozińskiego w kaplicy Repphanów i Scholtzów 4 października 2023 roku z inicjatywy Fundacji Nowe Drzewo Życia przy wsparciu KPRM prochy Stefana Szolc-Rogozińskiego sprowadzono z Paryża do Warszawy.