Po ogłoszeniu Aktu Odnowienia Państwa Ukraińskiego w 1941 r. przyjechał do Lwowa, gdzie został aresztowany przez Gestapo. Od 22 lipca 1942 był więźniem niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz (nr obozowy 51020), gdzie po kilku dniach zmarł. Według Petra Mirczuka i Adama Cyry Ołeksandr i jego brat Wasyl zostali skatowani przez więźniów funkcyjnych – Polaków – Franciszka Podkulskiego i Oberkapo Józefa Krala za to, że byli braćmi Stepana Bandery, Ołeksandr po przeniesieniu do lazaretu został po selekcji przeprowadzonej przez SS zabity zastrzykiem z fenoluDo jego śmierci w komandzie budowlanym „Neubau” przyczynić się miał pośrednio między innymi student z Przemyśla, Franciszek Podkulski (nr 5919). Ten pełniąc funkcję vorarbeitera, czyli przodownika pracy, zmuszał go do nadmiernego wysiłku. Wysiłek ponad siły i najprawdopodobniej pobicie przez innych polskich więźniów spowodowało, że Aleksander Bandera został umieszczony w bloku szpitalnym nr 20. W dniu 10 sierpnia 1942 r. lekarz SS przeprowadził w tym bloku selekcję, podczas której wybrał siedemdziesięciu pięciu więźniów. Jeszcze tego samego dnia zabito ich z polecenia SS dosercowymi zastrzykami fenolu. Jednym z zamordowanych był Aleksander Bandera. Adam Cyra, Banderowcy w KL Auschwitz (W:) Studia nad Faszyzmem i Zbrodniami Hitlerowskimi, t. XXX, Wrocław 2008, s. 383–432.