John C. Frémont, przełożony Federalnego Departamentu Zachodniego, chciał przejąć kontrolę nad rzeką, a jednocześnie utemperować sympatyków Południa. By to osiągnąć w lipcu 1861 roku umieścił w Lexington garnizon pod dowództwem pułkownika Charlesa Stifela stojącego na czele 5. pułku rezerwowego US Army złożonego głównie z emigrantów z Niemiec z St. LouisGifford, s. 9.. Stifel i jego oddział zostali wkrótce zastąpieni przez pięć kompanii Gwardii Domowej Hrabstwa pod wodzą kapitana (lub „majora”) Fredericka W. Beckera. Oddział ten wkrótce uzyskał wsparcie w postaci 14. pułku Gwardii pod dowództwem podpułkownika Roberta White’a, który przejął dowodzenie. White’a z kolei zastąpił pułkownik Thomas A. Marshall, który przybył na czele 1. pułku kawalerii z Illinois.
Po zwycięstwie nad Wilson’s Creek w dniu 10 sierpnia, pro-konfederacka Gwardia Stanowa Missouri, zgrupowana na północy i w centrum stanu, ruszyła na Lexington pod dowództwem generała-majora Sterlinga Price’a.