Były to: Kongres, Rada Naczelna i Naczelny Komitet Wykonawczy.
Prezesem Kongresu (najwyższej władzy stronnictwa) został Maksymilian Malinowski z „Wyzwolenia”. Funkcje dwóch wiceprezesów objęli działacze pochodzący z pozostałych, jednoczących się ugrupowań. Prezesem Rady Naczelnej (organ uchwałodawczy i kontrolny) wybrano Wincentego Witosa z „Piasta”. Na czele Naczelnego Komitetu Wykonawczego stanął Stanisław Wrona-Merski ze Stronnictwa Chłopskiego. Sekretarzem generalnym został Kazimierz Bagiński z „Wyzwolenia”. Centralnym organem propagandowym stronnictwa stał się tygodnik „Zielony Sztandar”, którego redaktorem został Maciej Rataj. Struktura naczelnych władz stronnictwa najwybitniejszym politykom gwarantowała dotychczasowe pozycje we władzach partyjnych.
Statut i program stronnictwa Wraz z wyborem władz Kongres przyjął statut i program. Nowością było to że statut wprowadzał, inaczej niż we wcześniejszych stronnictwach chłopskich, jednolitą strukturę organizacyjną i ściśle określone zasady członkostwa, nakładające na członków określone obowiązki organizacyjne. W czasie kongresu 9 maja 1931 Naczelny Komitet Wykonawczy Stronnictwa Ludowego przyjął uchwałę, że dniem Święta Ludowego od tej pory będą Zielone Świątki.