Sekcja Marynarki przy Ministerstwie Spraw Wojskowych – komórka organizacyjna Ministerstwa Spraw Wojskowych właściwa w sprawach Marynarki Wojennej i Marynarki Handlowej.
Sekcja została utworzona na mocy dekretu Naczelnika Państwa Józefa Piłsudskiego z 28 listopada 1918 roku. Na stanowisko szefa Sekcji został wyznaczony pułkownik marynarki Bogumił NowotnyDziennik Rozporządzeń Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 8 z 4 grudnia 1918 roku, poz. 155.. Dekret został wydany w 291. rocznicę zwycięskiej bitwy pod Oliwą„Polska Zbrojna” Nr 331 z 28 listopada 1928 roku, s. 1..
Sekcja była pierwszą instytucją odpowiedzialną za organizację polskiej Marynarki Wojennej i Handlowej. 30 listopada Naczelny Wódz podporządkował Sekcji port wojenny w Modlinie, a na stanowisko komendanta portu wyznaczył majora marynarki Stanisława WitkowskiegoDziennik Rozporządzeń Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 9 z 7 grudnia 1918 roku, poz. 186, 187..