Cerkiew została poświęcona 15 października 1872 r. przez arcybiskupa chełmskiego i warszawskiego Joannicjusza w obecności namiestnika Królestwa Polskiego, Fiodora hr. Berga. Przejściowo wokół cerkwi mieścił się cmentarz prawosławny, który po niedługim czasie został zlikwidowany.
Po wejściu do miasta Niemców w 1914 roku cerkiew stała się katolickim kościołem garnizonowym, a po zakończeniu I wojny światowej Polacy w ramach akcji rewindykacji cerkwi prawosławnych zatrzymali ją w rękach katolików – początkowo jako kościół garnizonowy, potem jako kościół filialny parafii św. Zygmunta. Świątynia ta pełniła również funkcję kościoła wojskowego pod wezwaniem św. Stanisława Kostki.
W 1937 r. biskup częstochowski utworzył w kościele parafię św. Jakuba, a jej proboszcz Wojciech Mondry przystąpił do realizacji przygotowywanych od dawna planów wyburzenia świątyni i wzniesienia nowej, w stylu modernizmu. W tym samym roku powstał Komitet Przebudowy Kościoła. Nad komitetem patronat objął premier gen. Felicjan Sławoj Składkowski, a prezydent miasta Jan Szczodrowski wystosował do mieszkańców apel o składanie środków na przebudowę. Opracowanie projektu powierzono krakowskiemu architektowi Zygmuntowi Gawlikowi, rozpoczęto także gromadzenie materiałów budowlanych.