przyjął propozycję współautorstwa obszernego zarysu „Dziejów Polski”, dzięki czemu miał możliwość kontynuowania studiów w Lipsku.

Działał w Kole Naukowym Historyków Studentów, gdzie w latach 1895–1896 pełnił funkcje prezesa.

W marcu 1900 r. obronił pracę doktorską na UJ, a rok później został zatrudniony w warszawskiej Bibliotece Ordynacji Zamoyskich. W tym czasie szczególnie mocno rozwijał się jego talent pisarski oraz działalność naukowa. Jego wydana w 1902 r. Nienawiść wyznaniowa tłumów za Zygmunta III była bezlitosną krytyką postawy zakonu Jezuitów i Piotra Skargi, którego postać obrosła pozytywną legendą w XIX wieku. Historyk Janusz Tazbir nazwał tę książkę „błyskotliwą”. W swoim czasie wywołała ona szereg nieprzychylnych polemik ze strony prawicy i katolickich duchownych m.in. ks. Stanisława Załęskiego. Pracę tego ostatniego Jezuici w Polsce Sobieski poddał miażdżącej krytyce w 1904 r. w szkicu Rola Jezuitów w dziejach Rzeczypospolitej (kilka zastrzeżeń). W 1996 będący jeszcze jezuitą Stanisław Obirek, przyznał, że krytyka Sobieskiego była „w zasadzie słuszna.”