Druga kaplica po lewej stronie poświęcona jest św. Karolowi Boromeuszowi. Trafiła ona pod opiekę rodziny Magalotti w 1612 roku. Giulio Magalotti sponsorował remont ukończony w 1634 roku, ale nazwisko architekta nie jest znane. Aedicula ołtarza to prosty, klasyczny projekt dwóch kolumn korynckich podtrzymujących trójkątny fronton. Obraz w ołtarzu przedstawia Madonnę z Dzieciątkiem i św. Karolem Boromeuszem oraz Filipem Neri. Ściana wokół ołtarza jest całkowicie pokryta freskiem przedstawiającym alegoryczne postacie Wiary i Miłosierdzia autorstwa Girolamo Mengozzi.
Kaplica Antamoro
Kaplica po lewej stronie prezbiterium jest dedykowana św. Filipowi Neri. Została ona pierwotnie zaprojektowana przez Geronimo Caccia. W 1710 roku odremontował ją Filippo Juvara. Na ołtarzu umieszczono duży marmurowy posąg patrona kaplicy autorstwa Pierre'a Legrosa, za którym znajduje się owalne okno.
Kardynałowie diakoni Kościół św. Hieronima della Carità jest jednym z kościołów tytularnych nadawanych kardynałom-diakonom (Titulus Sancti Hieronymi a Caritate in via Iulia).