W małej prostokątnej apsydzie o sklepieniu kolebkowym znajduje się ołtarz główny. Został on zaprojektowany przez Carlo Rainaldi. Znajduje się w nim, wykonana w 1797, kopia obrazu namalowanego przez Domenichino Ostatnia komunia św. Hieronima. Oryginał został zrabowany przez Francuzów, a po jego odzyskaniu nie trafił na swoje pierwotne miejsce, lecz został umieszczony w Pinakotece Watykańskiej.
Kaplice boczne Kaplica Spada
Pierwsza kaplica po prawej jest dedykowana Santa Maria Liberatrice. Kaplica została po raz pierwszy odnotowana w 1595 roku. Po pożarze odnowiono ją według projektu Virgilio Spada. Prace trwały do 1658 roku. Polichromowane marmurowe dzieło wykonał zespół złożony z Giovanniego Battisty Scala, Giovanniego Somazzi i Giovanniego Marii della Monaca. W ołtarzu umieszczono wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem w rzeźbionym wieńcu z marmuru. Obok znajdują się płaskorzeźby przedstawiające św. Franciszka i Bonawenturę. Ściany kaplicy ozdobiono ornamentami w technice pietra dura z białego marmuru i czerwonego jaspisu.
Kaplica Speziali
Druga kaplica po prawej stronie poświęcona jest Ukrzyżowaniu. Znajduje się w niej duży malowany drewniany krucyfiks z XV wieku, który zgodnie z legendą, miał przemówić do św. Filipa Neri, w czasie gdy ten odprawiał mszę.