Służba okrętu U-9 został przyjęty w skład Kriegsmarine 21 sierpnia 1935 roku, zaś z chwilą jej sformowania 27 września 1935 roku, został przydzielony do składu pierwszej po zakończeniu I wojny światowej niemieckiej jednostki okrętów podwodnych: 1. Flotylli U-Bootów w Kilonii. Bezpośrednie dowództwo flotylli – początkowo w praktyce wyłącznie U-9 – sprawował wówczas fregattenkapitän Karl Dönitz, który wprowadził bardzo intensywne szkolenia w podległej mu jednostce, którym podlegała także załoga U-9J.M. Showell: The U-Boat Century, s. 188-189.. Jakkolwiek U-9 wykorzystywany był do szkolenia, miał jednak status operacyjny – toteż w przeddzień rozpoczęcia operacji Fall Weiss, 25 sierpnia 1939 roku wyszedł na patrol bojowy, celem prowadzenia rekonesansu u wschodnich wybrzeży Szkocji. Po wybuchu wojny i powrocie z patrolu, 15 września okręt zawinął do bazy w Kilonii.