Monumentalna, wykraczająca poza ramy kompozycji obrzędowej, jest uważana za przejaw tego, co w człowieku odwołuje się wprost do Stwórcy, do religijności, nie analizującej przynależności do Kościoła jako wspólnoty.

W 1945 roku rękopis partytury, wraz ze zbiorami Pruskiej Biblioteki Państwowej (tzw. „Berlinki”), trafił do Biblioteki Jagiellońskiej, gdzie znajdował się aż do roku 1977, kiedy to I sekretarz KC PZPR Edward Gierek wręczył go wraz z manuskryptami partytur m.in. „Czarodziejskiego fletu” Mozarta i IX symfonii Beethovena przewodniczącemu Socjalistycznej Partii Jedności Niemiec Erichowi Honeckerowi. W roku 2015 rękopis mszy został wpisany na listę UNESCO Pamięć Świata.

Budowa utworu Msza składająca się z 27 wokalno-instrumentalnych ogniw (18 chórów, 3 duety i 6 arii) obejmuje sześć stałych części mszy: Kyrie, Gloria, Credo, Sanctus, Benedictus i Agnus Dei. Dwie pierwsze były utworami nowymi, następne oparł Bach – co było częstą praktyką w owych czasach – na wcześniejszych kantatach, wykorzystanych jednak w nowatorski sposób. Dzięki charakterystycznej dla Bacha konsekwencji w budowaniu formy kompozycja tworzy jednolitą całość.