Fabuła Aby zatrzymać potężną klęskę żywiołową, Ken Kitazawa (syn nowego profesora) postanowił użyć Związku Z (odpowiednika Związku X), aby zniszczyć ogromny lodowiec. Kiedy Związek Z zderzył się z lodowcem nastąpiła potężna eksplozja, po której białe i czarne światło pojawiło się nad tokijskim niebem. Trzy uczennice, Momoko, Miyako i Kaoru wpadły w łunę białego światła, co spowodowało, że stały się nowymi obrońcami Tokio: Powerpuff Girls Z (Atomówki Z). Jednak osoby, których dotknęło czarne światło przeszły na stronę zła. Używając swych super mocy, Hyper Blossom; Hiper Bójka (Momoko), Rolling Bubbles; Zakręcona Bajka (Miyako) i Powered Buttercup; Silna Brawurka (Kaoru) postanowiły „poświęcić swe życie walce ze złem”, które wdarło się do Tokio i obronić je przed złą siłą Jego (On).