Po sześciu latach od jego śmierci papież Leon X ogłosił go błogosławionym, a kanonizacja zakonnika nastąpiła sześć lat później.
W podaniach Przypisuje mu się umiejętność bilokacji i stawania się niewidzialnym, uwolnienie Fréjus i Bormes od epidemii. Najbardziej znanymi podaniami z życia św. Franciszka z Paoli są: jego cudowne uzdrowienie w dzieciństwie, wskrzeszenie siostrzeńca Mikołaja i przepłynięcie na płaszczu z Włoch na Sycylię w celu założenia nowego klasztoru, a także złamanie w palcach złotej monety z której popłynęła krew uciskanych przez króla Ferdynanda poddanychAntonio Borrelli San Francesco da Paola .
Patronat Jest patronem kilku francuskich i włoskich miast: (Tours, Fréjus, Turynu, Genui, Neapolu), wyspy Sycylii i regionu Kalabrii, a w przeszłości także Królestwa Neapolu. Od 1943 roku, po proklamacji papieża Piusa XII, jest także patronem marynarzy włoskich. W południowych Włoszech w dniu jego wspomnienia urządzana jest nad morzem uroczysta barwna procesja z figurą świętego.
Ikonografia thumb|Św. Franciszek z Paoli W ikonografii św. Franciszek przedstawiany jest w mnisich szatach;