Często też do istniejących kamienic dostawiano nowe oficyny lub dobudowywano kolejną kondygnację domu frontowego.
Początek wieku XX zaowocował kilkoma nowymi kamienicami o ornamentyce posecesyjnej lub modernistycznej; wśród autorów tych obiektów pojawiają się nazwiska dwóch architektów przybyłych z Odessy - Henryka Stifelmana i Stanisława Weissa. W okresie międzywojennym przy Franciszkańskiej nie wzniesiono żadnego nowego budynku. Po roku 1936 wyburzono halę targową i trzy kamienice w związku z przedłużeniem i poszerzeniem ul. Bonifraterskiej. Podczas obrony Warszawy niektóre budynki zostały zniszczone.
W listopadzie 1940 ulica na całej swej długości została włączona do warszawskiego getta. W grudniu 1941 cały obszar Nowego Miasta wraz ze wschodnim odcinkiem ulicy został wyłączony z dzielnicy zamkniętej, a granicę getta przesunięto na środek ul. BonifraterskiejMapa Getto warszawskie. Granice przed wielką akcją likwidacyjną, opracowanie kartograficzne Paweł E. Weszpiński [w:] .
Powstanie w getcie i powstanie warszawskie doprowadziły do całkowitego zniszczenia zabudowy