Ksiądz przebywał jakiś czas w więzieniu w Krakowie na Montelupich, gdzie spisano jego personalia i adres zamieszkania.
W dniu 1 września 1945 r. powiadomiono Kurię w Kielcach o odnalezieniu ciała przez ks. Jana Tobolaka z Zakopanego. Wezwany lekarz stwierdził, iż Ksiądz wisiał na drzewie co najmniej od dwóch tygodni i zginął przed powieszeniem. W kieszeni poszarpanej i wiszącej osobno sutanny znaleziono nominację z dnia 26 lutego na proboszcza w Krzcięcicach. Wykluczono samobójstwo. Pierwszą osobą, która znalazła Księdza była kobieta zbierająca grzyby. Ciało księdza miało rany na nogach, sugerujące pogryzienie przez psa, płuca były przestrzelone. Zmarłego pochowano w Zakopanem.
Później pojawiały się doniesienia, iż rzekomo w dniu 27 lipca 1947 r. dziekan z Sędziszowa ks. Jan Pałczyński poinformował Kurię w Kielcach, że ks. Antoni w dniu 2 lipca wyjechał pociągiem z Krzcięcic do Krakowa, by zakupić pamiątki dla dzieci pierwszokomunijnych i już nie wrócił. Ktoś inny miał go widzieć w tramwaju w Krakowie. Wcześniej, 15 lipca, tę samą wersję zaginięcia przekazał kurii wikariusz ks. Kazimierz Nachtman. Rodzina twierdzi, że taki wariant wydarzeń fabrykowały władze komunistyczne, zacierając ślady zbrodni. Rozpowszechniano też plotkę, iż ksiądz zginął w wyniku porachunków partyzanckich. W związku z tajemniczą śmiercią ks.