Twierdza św. Jana Chrzciciela thumb|Forte de São João Baptista das Berlengas W czasie wojny restauracyjnej, podczas trwania rządów króla Jana IV (1640–1656), portugalska rada wojenna zarządziła rozbiórkę opuszczonych ruin klasztornych i wykorzystanie pozyskanych kamieni jako budulca do budowy twierdzy (port. Forte de São João Baptista das Berlengas, pol. Twierdza św. Jana Chrzciciela). Miała ona na celu obronę tutejszego odcinka wybrzeża, ważnego z punktu widzenia strategicznego. Twierdza powstała na sąsiadującej z wyspą skale, połączonej za pomocą kamiennego mostu. Już w 1655, kiedy twierdza była jeszcze ciągle w budowie, załoga z powodzeniem odparła atak i bombardowanie trzech okrętów tureckich. Ostatecznie budowa została ukończona w 1676 roku.
W 1666 roku, w związku z próbą porwania francuskiej księżniczki Marii Franciszki Sabaudzkiej, małżonki Alfonsa VI (1656–1667), oddziały hiszpańskie w sile tysiąca pięciusetR. St Louis, R. Landon: Lonely Planet Portugal, s. 274D. Porter, D. Prince: Frommer's Portugal, s. 15 żołnierzy na piętnastuPodane za D. Porter, D. Prince: Frommer's Portugal, s. 15;