W obrębie miasta uznano 19 pomników przyrody, w tym 14 jednoobiektowych i 5 grupCentralny Rejestr Form Ochrony Przyrody zob.: https://crfop.gdos.gov.pl/. Południowo-wschodnia część Zamościa pokrywa się z fragmentem obszaru specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 o nazwie „Dolina Górnej Łabuńki”. Spośród występujących tam ponad 20 gatunków ptaków, 3 posiadają ostoje w obszarze miastaKatalog obszarów Natura 2000.. Tereny zielone to w większości łąki, zajmujące głównie obszary przy granicach miasta oraz ogrody działkowe skupiające się w jego południowej części.
Zieleń miejską stanowią położone w bezpośrednim sąsiedztwie Starego Miasta: od strony północno-zachodniej Park Miejski ze stawem (założony w okresie międzywojennym), skwery od południa i zachodu (dawny „Małpi Gaj”) oraz słabiej zadrzewione „Planty” (głównie skwery) położone po wschodniej i północnej stronie. Większe skupiska zieleni, poza centrum miasta, znajdują się ponadto w Koszarach, przy jednostce wojskowej oraz przy ul. Dzieci Zamojszczyzny, wzdłuż której ciągnie się szeroki pas drzew. Niewielkim parkiem jest także tzw. Ogródek Jordanowski położony między Starym a Nowym Miastem.