Środowisko naturalne Miasto w większości położone jest na wysokości od ok. 210 do 220 m n.p.m.Mapa topograficzna Polski, OPGK Lublin, 2002, arkusze: Mokre, Zamość, Zamość-Płd., Zamość-Zach. Najniżej, bo ok. 204 m n.p.m., usytuowane są okolice Łabuńki i Czarnego Potoku (północna część Zamościa), zaś na Os. Słoneczny Stok we wschodniej części miasta znajdują się miejsca położone najwyżej, ok. 237 m n.p.m. (przy ul. Hrubieszowskiej).
Rzeźba terenu nie jest zbytnio zróżnicowana. Wyraźne, większe nachylenia i spadek wysokości widoczne są jedynie w kierunku rzeki Łabuńki, szczególnie na Nowym Mieście (na południe od ulic Partyzantów i Hrubieszowskiej) i Os. Promyk, oraz w zachodniej części Os. Orzeszkowej-Reymonta. Wyraźnie niżej położone są także południowe i zachodnie fragmenty miasta.
Wody thumb|Północno-zachodni brzeg zalewu Od południowego wschodu w kierunku północnym przez Zamość przepływa będąca dopływem Wieprza rzeka Łabuńka. Do niej, jeszcze w obrębie miasta, wpada płynąca od południowego zachodu Topornica (oraz jej stare koryto) i płynąca przez Osiedle Karolówka Świnia. Płynący od wschodu wzdłuż północnej granicy Czarny Potok łączy się z Łabuńką już poza miastem.