Po upadku Francji zajął się przerzutem polskich żołnierzy do Wielkiej Brytanii. Na początek wykorzystano możliwość legalnego wyjazdu z Francji do Hiszpanii na podstawie sfałszowanych dokumentów. Równoległe rozwiązanie zakładało przejście przez zieloną granicę francusko-hiszpańską i dalej całą Hiszpanię. Po wyczerpaniu tych możliwości uruchomiono ewakuację drogą morską (od października 1940) z portu w Marsylii do portów afrykańskich. Przewiezienie żołnierza statkiem handlowym kosztowało 100 - 300 frankówMonika Bielak. OBEP IPN Warszawa, Ewakuacja żołnierzy polskich z Francji do Wielkiej Brytanii i Afryki Północnej w latach 1940–1941, s. 17–18..
Po sukcesach Afrika Korps w walkach w Libii i Egipcie, Słowikowski otrzymał polecenie udania się do Algierii, będącej kolonią Francji Vichy, w celu zorganizowania siatki wywiadowczej. W celu organizacji działalności agenturalnej założył fabrykę produkującą płatki owsiane, która okazała się dużym sukcesem komercyjnym i objęła zasięgiem działania całą północną Afrykę, a środki pozyskane z przedsięwzięcia pozwoliły finansować działalność wywiadowczą. Do siatki Słowikowskiego zwerbowanych zostało kilka tysięcy ludzi, których informacje pozwoliły na kontrolę większości dziedzin życia kolonii. Ważną rolę w działalności Słowikowskiego odgrywała także jego żona Maria, która m.in.